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根据第四轮学科评估结果等数据，山东大学以下专业相比南京大学有一定优势：
数学
山东大学的数学专业学科评估等级为A+，与北大、复旦齐名，是全国顶尖水准。而南京大学的数学评级为A-，山东大学在数学领域的整体实力、学术研究成果、师资力量等方面更具优势，比如山东大学数学学院拥有一批国内外知名的数学家，在基础数学、应用数学等多个方向的研究处于国际前沿水平。
马克思主义理论
山东大学该专业学科评级为A，而南京大学为B+。山东大学在马克思主义理论的教学与研究方面历史悠久，有着深厚的学术积淀，拥有多个相关的重点研究基地和创新团队，在马克思主义中国化、思想政治教育等方面的研究成果丰硕，人才培养质量也较高。
应用经济学
山东大学评级为A-，南大为B+。山东大学的应用经济学在学科建设、科研创新以及服务地方经济等方面成效显著，在产业经济、区域经济等领域有较强的研究实力，为政府和企业提供了大量有价值的决策咨询。
控制科学与工程
山东大学评级是A-，全国排名前十，而南京大学只有C级。山东大学在控制理论与控制工程、模式识别与智能系统等方向发展良好，在相关科研项目和工程实践中积累了丰富经验，培养的学生在自动化领域竞争力较强。
药学
山东大学评级为A-，南京大学没有B级及以上学科。山东大学的药学专业依托齐鲁医学院，在药物化学、药剂学、药理学等方面研究深入，拥有先进的科研平台和优秀的师资队伍，与国内外药企和科研机构合作紧密，为学生提供了丰富的实践和科研机会。
医学类专业
山东大学的基础医学、临床医学、护理学均为B+，口腔医学为B，公共卫生与预防医学为B。相比之下，南京大学在第四轮学科评估中医学类学科未上榜。山东大学的医学教育历史悠久，齐鲁医院作为其附属医院，为医学专业的学生提供了优质的临床教学和实践资源，在医学人才培养、临床医疗水平等方面有一定优势。
此外，在统计学方面，山东大学学科评级为B+，南京大学为B-。
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